Thành phố Manchester nằm dưới quyền quản lý của Hội đồng thành phố Manchester. Hội đồng hạt Đại Manchester trước đó bị bãi bỏ vào năm 1986 và do đó hội đồng thành phố trong thực tiễn là một chính quyền nhất thể. Manchester là thành viên của Nhóm các thành phố hạt nhân tại Anh từ khi khởi đầu vào năm 1995.[53]

Thị trấn Manchester được cấp hiến chương bởi Thomas Grelley vào năm 1301, song bị mất vị thế đô thị tự trị (borough) trong một vụ tố tụng tại toà án vào năm 1359. Cho đến thế kỷ 19, chính quyền địa phương phần lớn nằm trong tay các toà án thái ấp, toà cuối cùng bị giải thể vào năm 1846.[54]

Từ thời kỳ trước, thị trấn Manchester nằm trong ranh giới hạt lịch sử hoặc nghi lễ của Lancashire.[54] Pevsner viết rằng "Việc Stretford và Salford [lân cận] không phải là một phần với Manchester về hành chính là một trong những điều dị thường kỳ lạ nhất tại Anh".[22] Một nét bút của một nam tước người Norman được cho là phân chia Manchester và Salford, song không phải là Salford tách khỏi Manchester, mà là Manchester thuộc về dòng dõi lãnh chúa thấp kém đã tách khỏi Salford.[55] Việc chia tách này dẫn đến Salford trở thành trụ sở tư pháp của Salfordshire, một khu vực gồm giáo xứ cổ Manchester. Manchester sau đó thành lập Liên hiệp pháp luật riêng của mình với tên gọi "Manchester".[54] Năm 1792, các uỷ viên hội đồng—thường gọi là "uỷ viên hội đồng cảnh sát"—được thiết lập để cải tiến xã hội Manchester. Manchester giành lại vị thế đô thị tự trị vào năm 1838, và bao gồm các thị trấn Beswick, Cheetham Hill, Chorlton upon Medlock và Hulme.[54] Đến năm 1846, do dân số gia tăng và công nghiệp hoá cao hơn, Hội đồng đô thị được giao quyền lực của "uỷ viên hội đồng cảnh sát". Năm 1853, Manchester được cấp vị thế thành phố tại Anh Quốc.[54]

Năm 1885, Bradford, Harpurhey, Rusholme và bộ phận của Moss Side và Withington được nhập vào địa giới của thành phố Manchester. Năm 1889, thành phố trở thành một đô thị cấp hạt giống như nhiều đô thị lớn tại Lancashire, và do đó không chịu sự cai quản của Hội đồng hạt Lancashire.[54] Từ năm 1890 đến năm 1933, có thêm nhiều khu vực được sáp nhập vào thành phố từ phạm vi của Hội đồng hạt Lancashire, gồm các làng cũ như Burnage, Chorlton-cum-Hardy, Didsbury, Fallowfield, Levenshulme, Longsight và Withington. Năm 1931, các giáo xứ dân sự của Cheshire là Baguley, Northenden và Northen Etchells nằm ở phía nam sông Mersey được sáp nhập vào Manchester.[54] Năm 1974, theo Đạo luật chính quyền địa phương 1972, thành phố Manchester trở thành một huyện đô thị của hạt vùng đô thị Đại Manchester.[54] Trong năm đó, thị trấn Ringway có sân bay Manchester được sáp nhập vào thành phố.

Đến tháng 11 năm 2014, chính quyền công bố rằng Đại Manchester sẽ tiếp nhận một thị trưởng được bầu trực tiếp mới. Thị trưởng sẽ kiểm soát ngân sách về y tế, giao thông, nhà ở và cảnh sát trong khu vực.[56] Động thái này được gán tên là "Devo Manc", một cách chơi chữ cụm từ Devo Max.[57]